灵璧县新二中和三中的区别在：

1、学校历史和声誉：新二中和三中可能具有不同的办学历史和声誉。

2、学校规模和师资力量：新二中和三中的规模和师资力量有所不同。

3、教育理念和教学方式：新二中学校的教育理念和三中教学方式存在差异。

4、学校文化和校园氛围：新二中和三中的学校文化和校园氛围有所不同。