淮安农校构建起六系一部的教育架构，包括植物工程系、动物工程系、经济贸易系、机电工程系、计算机工程系、汽车工程系和基础课部。学校还设有南京农业大学、北京科技大学、淮阴工学院的函授站点，提供多样化的学习路径。

课程设置上，淮安农校开设了18个中高职专业，其中与淮阴工学院、淮阴师范学院合作的“3+4”中职本科分段培养专业3个。特色专业包括园艺技术、会计与审计、汽车运用与维修、计算机应用，这些专业被评为省级品牌专业，而畜牧兽医专业则被评为省级特色专业。学校已建成江苏省级现代化专业群——园艺技术专业群，以及首批江苏省现代学徒制试点专业——畜牧兽医专业。其中，畜牧兽医实训基地已通过省现代化实训基地的验收。

淮安农校的实训基地水平高，园艺技术、畜牧兽医、汽车运用与维修实训基地被评为省高水平示范性基地，为学生提供了优质的学习环境。此外，学校还建立了70多个校外实习基地，为学生提供了丰富的实践机会。这些设施和资源的建设，旨在提升学生的职业技能，为他们的未来发展打下坚实的基础。