吉首大学拥有六个校区，其中包括砂子坳校区、大田湾校区、石家冲校区、雷公井校区、三角坪校区和热水坑校区。砂子坳校区，也被称为新吉大，位于湖南省吉首市人民南路120号。而大田湾校区，俗称老吉大，则坐落在湖南省吉首市大田路。石家冲校区，又称医学院，地址为湖南省吉首市荣昌路18号。雷公井校区，俗称师院，位于湖南吉首市雷公井10号。三角坪校区，即老校区，坐落于湖南省张家界市永定区子午西路。最后一个校区，热水坑校区，是吉首大学张家界院本部，俗称新校区，位于湖南省张家界市永定区热水坑1号。

这些校区各自承担着不同的教学和科研任务，为学生们提供了多样化的学习环境。其中，砂子坳校区是学校的主校区，拥有最完善的教学设施和最齐全的学科体系。而大田湾校区则以人文社科类学科见长，是培养社会所需各类人才的重要基地。石家冲校区，由于其地理位置的优势，成为医学教育的重要基地。雷公井校区则以师范教育为主，培养着未来教育界的生力军。三角坪校区，作为老校区，承载着学校悠久的历史和文化，同时也是校园文化的中心之一。而新校区，热水坑校区，因其优美的自然环境和现代化的设施，成为学生们的又一学习乐园。

各个校区之间的交通便利，通过校际巴士可以轻松实现校区间的穿梭。此外，吉首大学还定期举办各类学术交流活动，促进不同校区之间的学术交流与合作。无论是科研还是教学，吉首大学的各个校区都在为培养更多优秀的人才而努力。