卷子不会作废。

1、根据自考办的规定，监考老师有义务检查本考场的考生是否正确完整填涂、填写考试号、准考证号、考试课程等自己的相关信息的。

2、一般情况下你的考试试卷会跟本考场的其他人的试卷一起被装订，如果你的试卷夹在中间是不会被单独给拎出来的。

考试机构：

（一）全国考委：全国高等教育自学考试指导委员会（以下简称“全国考委”）在国家教育委员会领导下，负责全国高等教育自学考试工作。全国考委由国务院教育、计划、财政、劳动人事部门的负责人，军队和有关人民团体的负责人，以及部分高等学校的校（院）长、专家、学者组成。

（二）专业委员会：全国考委根据工作需要设立若干专业委员会，负责拟订专业考试计划和课程自学考试大纲，组织编写和推荐适合自学的高等教育教材，对本专业考试工作进行业务指导和质量评估。

以上内容参考百度百科—高等教育自学考试