广州医科大学实力更强。

1、广州医科大学是双一流大学，而广东医科大学是一般省属重点大学。广东医科大学位于广东省湛江市、东莞市，是一所以医学为主要办学特色的涵盖医、理、管理、法、工、文、经济学等7个学科门类的省属综合性普通本科高等学校，为博士学位授予单位，广东省“冲一流，补短板强特色”重点建设学科高校。广东医科大学的前身是创建于1958年的中山医学院湛江分院；964年，湛江分院升格为五年制医学本科院校并更名为湛江医学院；1992年湛江医学院易名为广东医学院；2016年3月，国家教育部正式批准同意广东医学院更名为广东医科大学。

2、广州医科大学是双一流大学，位于广东省广州市，是一所以医学为优势和特色的广州市属重点高校，国家“双一流”建设高校、为教育部“卓越医生教育培养计划”试点高校、国家“特色重点学科项目”建设高校、国家建设高水平大学公派研究生项目实施高校、广东省高水平大学重点学科建设高校、广东省本科教育国际化办学改革试点单位、承担中国政府奖学金来华留学生培养任务院校、中俄医科大学联盟成员高校，是具有研究生推免资格的学校。