两所学校都很好，各有各的好。

1、南京大学医学院设临床医学、临床医学和口腔医学三个专业。有临床医学和基础医学一级学科博士点、口腔医学一级学科硕士点和临床医学博士后流动站，其中普通外科学为国家重点学科，临床医学为江苏省重点学科。

2、南京医科大学拥有25个本科专业，3个本硕博贯通培养专业方向。拥有博士后科研流动站6个；一级学科博士学位授权点8个、二级学科博士学位授权点54个；一级学科硕士学位授权点11个、二级学科硕士学位授权点65个；学位授权点覆盖医学、理学、工学、管理学、法学、教育学和文学7个学科门类。