北京自考本科申请免考流程包括提交申请、县区考办收集材料、市考办验核及上报、省考办审核以及查询审核结果五步。

第一步，考生需登录系统，通过考籍和转免考管理模块提交免考申请。随后，向县区考办提交准考证、身份证、毕业证书和完整成绩表的原件及复印件。如成绩表需从原毕业学校复印，须由原毕业学校教务处签署意见并加盖公章。

第二步，县区考办收集考生提交的材料，打印《办理免考手续凭证》给考生。接着，县区考办将考生材料集中上报市考办。

第三步，市考办对考生材料进行验核，并在复印件上签署意见、加盖公章。原件则退回县区考办，由县区考办退还给考生。同时，打印《免考审核表》与复印件材料一同上报省考办。

第四步，省考办对上报的材料进行审核。考生可通过系统查询审核结果。

第五步，若考生办理的免考课程与原已有成绩的课程存在课程顶替关系，则无需再次办理免考手续。