清华大学的自动化专业与电气工程及其自动化专业在教学内容与研究方向上存在显著差异。自动化专业侧重于控制理论领域，专注于弱电知识与技能的学习与研究。而电气工程及其自动化专业则集中于强电领域的知识与技能，涵盖电路分析、电工电机学、电力系统继电保护、电力系统网络计算分析及高电压技术等核心课程。

两者的专业定位不同，自动化专业毕业生多在控制、系统集成、自动化设备开发等领域找到职业机会，而电气工程及其自动化专业的毕业生则更倾向于从事电力系统、电子技术、自动化设备制造等强电相关的行业。

尽管两专业在就业方向上有一定的交叉，但其专业知识结构和培养目标的差异性使得毕业生在实际工作中的技能应用与职业发展存在明显差异。因此，在选择专业时，学生应根据个人兴趣、职业规划和对未来行业趋势的预判，综合考虑两专业间的差异，做出最合适的选择。