最本质的区别：有无核膜和有无成形的细胞核

真核生物有核膜、有成形的细胞核；

原核生物没有核膜，没有成形的细胞核，它们遗传物质存在的部位叫拟核。

细胞壁的成分不同：

真核生物：纤维素核果胶。

原核生物：蛋白质和多糖。

细胞器的种类不同：

真核生物：各种各样的细胞器都有，

原核生物：只有核糖体。

原核生物种类（三菌三体）：

三菌：细菌，蓝藻（蓝细菌），放线菌。

三体：支原体、衣原体、立克次氏体。

真核生物则种类较多。