青岛农业大学的学费结构包含学分学费与专业注册学费两部分。学分学费在每学期开学后收取，按实际修习课程计算，每学分定为100元。课程安排根据专业与年级不同而有差异，一般第一学期课程量在20学分左右。学生需在开学第3至第5周内进行确认，之后通过“青岛农业大学校园统一支付平台”或“青岛农业大学财务处”公众号完成缴费。

专业注册学费则在每学年开学初收取，不同专业所需缴纳的金额不同。具体标准如下：草业学院的草业科学与草业科学（创新实验班）均为1575元；草坪科学与工程同样为1575元；动漫与传媒学院的传播学为675元，广播电视编导为6420元，动画分为两个方向，游戏动画方向为6822元，影视动画方向为6835元；动物科技学院的马业科学与动物科学分别为1575元与2637元；动物医学院的动物药学与动物医学分别为1450元与2880元。