武警工程学院隶属于武警总部，其级别为正军级。西安武警指挥学院则隶属于武警陕西总队，级别为正师级。从级别上看，武警工程学院的规模和地位均高于西安武警指挥学院。

不过，西安武警指挥学院在合并进入武警工程大学之后，其教育质量和学术研究水平得到了显著提升。现在，这两所学院的教育资源更加丰富，学术氛围也更为浓厚。

武警工程大学是目前我国唯一一所专门培养工程技术人才的高等军事院校，其工程技术学科在全国范围内享有很高的声誉。而合并后，西安武警指挥学院的军事指挥与管理学科也得到了进一步发展。

总体来说，无论是从历史背景还是从目前的发展状况来看，武警工程大学在师资力量、科研能力、教学设施等方面都更为出色。

然而，具体选择哪所学校还需结合个人的兴趣和职业规划。如果对工程技术领域感兴趣，或者希望接受更为系统的军事工程技术教育，那么报考武警工程大学是不错的选择。而如果对军事指挥与管理感兴趣，或者希望在该领域深入发展，那么报考西安武警指挥学院也是很好的选择。

总之，这两所学校都有其独特的优势和特点，考生可以根据自己的兴趣和职业规划做出选择。