南京大学医学院与南京医科大学在卓越医生培养计划中都有一定的成就，但各自侧重点不同。南京大学医学院入选了拔尖创新人才培养计划，旨在培养杰出的领导型临床学家和医学科学家。而南京医科大学则专注于五年制临床医学人才培养，具有更强的临床医学教育背景。

两所高校的办学理念也有所不同。南京大学医学院强调培养学生的科研能力和领导力，致力于为医学领域输送拔尖创新人才。南京医科大学则注重临床技能的培养，为学生提供坚实的医学基础教育。

在师资力量方面，南京大学医学院拥有一支高水平的教师队伍，其中不乏国内外知名的医学专家。南京医科大学同样汇聚了一批优秀的医学教师，他们在临床教学和科学研究方面积累了丰富的经验。

在科研实力方面，南京大学医学院和南京医科大学都具备较强的研究能力。南京大学医学院在多个医学领域取得了重要研究成果，如肿瘤学、神经科学等。南京医科大学则在临床医学研究方面取得了显著进展，特别是在传染病防治和慢性病管理方面。

两所高校在科研平台和资源方面也有所不同。南京大学医学院依托南京大学的整体科研资源，拥有先进的科研设施和丰富的科研项目。南京医科大学则与多家医疗机构合作，为学生提供了丰富的临床实习机会。

在学生培养方面，南京大学医学院注重培养学生的综合素质，鼓励学生参与科研项目和学术交流。南京医科大学则强调实践教学，通过临床实习和模拟教学等方式，提高学生的临床技能。

总之，南京大学医学院与南京医科大学各有特色和优势。选择哪所高校需要根据个人的兴趣和职业规划来决定。无论是南京大学医学院还是南京医科大学，都能为学生提供优质的教育资源和广阔的发展空间。