工程预付备料款在实际工程中，回扣方法是由双方通过合同形式予以约定的，也可针对工程实际情况具体处理。如有些工程工期较短、造价较低，就无需分期扣还；有些工期较长，如跨年度工程，其备料款的占用时间很长，根据需要可不扣或少扣，具体扣款方式有：

1、在第一笔进度款中扣除；

2、结算时一并扣除；

3、根据进度款按比例扣除；

4、在起扣点（未施工工程主要材料或构配件价值相当于预付款时）进行扣除。