石蜡切片厚度通常为4～7微米，此厚度能满足大多数实验室的需求。若需更薄的切片，则可通过使用微切机进行切割，厚度可降至1-2微米。然而，这种切片较为脆弱且操作难度增加。

石蜡切片的制作过程包括组织包埋、切片与贴片以及脱蜡至水等步骤。首先，组织需经不同浓度的乙醇溶液脱水，再依次浸泡于三个二甲苯和三个石蜡缸中。随后，将液态石蜡倒入模具盒中，放置浸蜡后的组织块，待石蜡冷却凝固后修整蜡块，保留适量石蜡，以备后续切片。

切片时，将预冷的蜡块固定于石蜡切片机上，使切面与刀口平行，刀倾斜度通常为15℃。通过调节切片厚度至4μm，获得均匀厚度的切片。左手持毛笔，右手旋动切片机转把，切片带出后用毛笔托起，再用镊子轻镊蜡片放入展片箱中，水温约45℃。待摊平整后捞片。贴片时，左手持载玻片一端，垂直入水去附贴切片，右手用镊子辅助推动，贴附至玻片三分之二处。切片贴附后晾干，放入65℃烤片机烘烤1小时，再置于烘箱中烘烤2小时。

脱蜡至水步骤包括将石蜡切片依次放入二甲苯、无水乙醇和90%、80%、70%、50%酒精中，进行梯度脱蜡。最后进行HE染色，将切片浸入苏木素染液，自来水漂洗，盐酸酒精分化，氨水返蓝，伊红染液染色，流水冲洗，再放入75%、85%乙醇中脱水，无水乙醇和二甲苯透明，最后以中性树胶封片。