一、命题单位不同。

自主划线高校专业课由高校自主命题，公共课由全国统一命题；

普通高校思想政治理论、外国语、大学数学等公共科目和专业课由全国统一命题。

二、划线不同。

自主划线高校初试的分数线由各个有自主划线权的学校自己划定，而不用参考国家统一划定的分数线，即学校可以根据报考自己学校考生的情况和计划招生的人数来确定分数线；

普通高校分数线由全国统一划定。

三、命题方式不同。

自主命题可分为题库抽取和实时命题，有的高校建了比较庞大的题库，由研究生院或考试院从题库中抽取，也有不少是集体命题和教师独立命题。

普通高校命题方式为题库抽取。

参考资料来源：百度百科-自主命题

百度百科-自主划线高校

百度百科-全国硕士研究生统一招生考试