南京航空航天大学非全日制MPACC学费较高的原因可能包括：

首先，培养方向的不同是导致学费差异的一个重要原因。非全日制研究生主要针对在职人员，他们更注重实际应用能力的提升，因此课程设计中会融入大量案例教学，同时还会邀请行业内的知名专家进行授课。这种教学方式不仅增加了师资力量的需求，也提高了教学成本。相比之下，全日制研究生更侧重于理论教学，其授课教师多为学校内的教授，很少额外聘请师资，因此在师资成本上相对较低。

其次，学制的差异也是学费高低的一个因素。非全日制研究生通常采用周末或节假日上课的方式，因此整体学制较长，有的甚至设有弹性学制，最长可达5年。而全日制研究生则有固定的学制，一般为2至3年，这使得他们在学费上不会因为学制较长而额外增加费用。

最后，学生自身的经济状况也影响了学费的实际成本。非全日制研究生由于在职工作，拥有稳定的经济收入，即使学费较高，这部分收入可以部分抵消学费，使得最终的学习成本相对较低。而全日制研究生则需要完全放弃工作，他们的学费就是全部的成本支出，因此在学费上没有额外的经济来源进行补偿。