学历层次不同，专业设置不同等。

学历层次不同：南艺高职院是江苏省唯一的综合性高等艺术学府，提供多层次、多学科、多种形式的职业教育，其学历层次为本科。而南艺的学历层次包括本科、硕士、博士，是中国六大艺术学院之首，艺术学科综合实力位居全国第一。

专业设置不同：南艺高职院设有艺术设计、音乐学、影视表演、舞蹈编导、播音与主持艺术五个专业。而南艺在2011年获得艺术学学科门类下设的艺术学理论、音乐与舞蹈学、戏剧与影视学、美术学以及设计学全部五个一级学科的博士、硕士学位授予权，并拥有多项艺术类国家级重点学科。