东莞理工学院工商管理学院的历史可以追溯到1991年，当时成立了工商行政管理系，它是学院最早专注于工商管理教育与研究的系。初期，该系主要为中山大学、华南师范大学、暨南大学在本校代培财务会计、中英文秘书及企业管理专业，只有三个。1992年，系内增设了企业管理、财务会计、中英文秘书三个独立专业，以及华南师范大学的经济管理与财会专业。随着学院的发展，1993年工商行政管理系正式更名为工商管理系，并成立了系党支部。

此后，工商管理系不断扩大规模，课程增设了企业管理、财务会计、工商与行政管理、国际商务和经济法等专业，学生招生人数稳步增加。2001年，工商管理系已拥有财务会计、国际商务、企业管理等多个专业，其中包括市场营销和电子商务分支。2002年，人力资源管理专业首次被设立，本科招生80人，专科也新增了经济法、人力资源管理等专业。2003年，本科专业招生人数进一步增长，同时增加了国际经济与贸易和工商管理专业。

同年，本科教学点搬至松山湖校区，2004年国际经济与贸易专业独立成为经贸系，会计学成为本科专业。2005年9月，专科教学点也迁移至松山湖，人力资源管理等专科专业与本科专业同在一地教学，标志着工商管理系主体机构的转移。2008年5月，学院通过教育部本科教育水平评估，工商管理系在继续招收会计学、工商管理及人力资源管理本科专业的同时，还接纳了松山湖校区首批财务会计专科新生，进一步壮大了学院阵容。2008年6月，工商管理系正式升格为工商管理学院，标志着学院在教学和研究上的新阶段。