个人觉得，如果是应届生考研，还是哈工大好一些。

哈工大

优点：

老军工院校，也是985院校，师资力量好，学习环境好。同学多，做科研有什么问题可以互相帮忙。毕竟是学校，所以会有较多时间学理论，如果所跟的导师比较有能力，承接的项目多，也会跟着做实际开发什么的，导师会适当给补助。平时也可以找实习，（一般这个得导师同意），这样理论实践两不误。

缺点：

当然项目多少是看导师或者导师所在实验室的能力，如果导师没什么项目，也没有资金支持，那学生往往就是在实验室做些理论研究。根据我国的“有中国特色”的国情，搞理论都是纸上谈兵，更次的直接“copy”，对毕业影响倒是不大，但是将来找工作时招聘单位会嫌你没有实践经验而将你PASS。这也是最重要的一点，毕业就得找工作，而现在的国情是工作不好找。（这个缺点对技术大牛除外）

自动化所，

优点：其实就是一个工作单位，招研究生其实也就是为自己单位培养，大都是公费名额，在所里干活给发工资的。也就是如无意外，毕业之后是可以留在单位继续工作的，省得找工作了。这年头，研究所的工作还是不错的。另外，所里项目比较多些，容易积累实践经验，碰到好的工程师还能学到很多学校学不到的东西。

缺点：

招生名额少。

单位里没有专门的老师给学生上课，研究生第一年的理论学习一般都是在某个高校委培，然后就回单位搞科研，就是跟着工程师做项目。有时参与项目，会被分配一些老工程师不愿做的简单重复性工作，比如实验数据整理统计之类的，真正的研发反而接触较少，学不到真正的东西。（当然，有些东西也不可能让一个新手去做）

说的比较乱，大概就这么个意思，呵呵