琥珀酸脱氢酶的辅酶是FAD，即黄素腺嘌呤二核苷酸，黄素腺嘌呤二核苷酸又称活性型维生素B2、核黄素-5'-腺苷二磷酸，是糖代谢三羧酸循环中的一种重要黄素辅基，一些脱氢酶以它为辅基，维生素B2是它的活性基团。FAD是一种比NAD和NADP更强的氧化剂，能参与两个连续的电子传递或同时发生的两个电子的传递。