首先，从个人考试的角度来看，选择报考的专业应当与你的学历背景或工作经历相匹配，这将有助于提高通过考试的概率。同时，你选择的专业还需与你所在的单位资质相符合，这样在后续的审核过程中也更容易获得通过。

在选择报考二级建造师时，如果你的专业背景或工作经验主要集中在水利领域，那么报考水利专业可能更为适合。水利专业涵盖了水工建筑、水文水资源、水利工程管理等多个方面，对于熟悉这一领域的考生来说，其内容更为熟悉，更容易掌握。

相反，如果你的背景或经验主要集中在市政工程方面，比如道路桥梁、地下管线施工等，那么报考市政专业可能更为合适。市政专业则主要涉及城市基础设施的规划、设计和施工管理等内容，对于熟悉市政工程的考生来说，其内容也更为熟悉，同样容易掌握。

当然，报考二级建造师的具体专业选择还需要根据你所在单位的实际需求来决定。比如，如果你所在的单位主要承接水利工程项目，那么选择报考水利专业会更有利；反之，如果单位主要承接市政工程，则市政专业会更为合适。

此外，还需要考虑你对不同专业内容的掌握程度。通常情况下，考生在选择报考专业时，应该优先考虑自己擅长和熟悉的专业，因为这将有助于提高考试通过率。

综上所述，报考二级建造师时，考生应当根据自身专业背景、工作经验以及单位需求等因素，合理选择报考专业。无论是报考水利还是市政专业，都应根据自身情况做出最有利的选择。