上元县是历史上位于南京地区的一个县。

761年（唐上元二年），改江宁县为上元县。917年（杨吴天佑十四年），分上元县另置江宁县，两县同属于升州管辖，并以秦淮河（今内秦淮河）为界，同城而治，河北为上元、河南为江宁。此后2县并存的历史维持了近千年，先后同属于江宁府（北宋）、建康府（南宋）、集庆路（元）、应天府（明）、江宁府（清）管辖。1912年（民国元年）撤废上元县，并入江宁县。