巢湖市粮食局设有多个内设机构，包括：

1. 办公室：主要职责包括协助局领导处理日常工作，协调各部门关系，收集政务信息，开展调研和提案工作，负责会议组织、文秘、档案、保密等工作。同时指导直属单位的文明创建、机构编制管理、人事事务以及工资、社会保障和职工教育培训工作。还负责党、群、妇女工作和离退休干部管理工作。

2. 财务审计科：负责粮食补贴的拨付、结算监督，粮食风险基金管理和省级储备粮利息补贴的管理工作。负责财务报表汇总，地方储备粮审计和资产、负债、损益的定期审核。指导全市粮食系统内部审计，并监督粮食财务和会计制度的执行。

3. 调控科：负责全市粮食宏观调控和总量平衡，规划粮食流通中长期计划和储备，监测粮价并处理突发粮食事件。执行储备粮计划落实，指导收购和销售，协调地区间粮食供应，确保重点建设项目和军粮供应。监督粮食质量、标准执行和仓储设施的建设与管理。

4. 综合业务科：负责全行业粮食流通的行业管理和指导，推动技术改造和新技术应用，负责统计工作，指导粮食安全，以及招商引资事务。

另外，还有一个粮食流通监督检查支队，其主要职责有：对粮食流通法规执行情况、粮食收购储存运输活动、政策性购销活动、粮食统计制度、收购资格许可、市场监督管理和处罚违规行为进行监督检查，执行上级任务并对重大事项进行督查。