南通的地理位置与上海相比存在显著差距。

第一，腹地的差异是关键因素。区位的核心不在于港口条件，而在于腹地的广阔与富饶。上海依托黄浦江，这个长江入海口向内第一个宽阔平静的支流，使得其腹地范围远大于南通。长江流域内著名城市大多位于可通航支流的交汇点，这意味着腹地更为辽阔，如扬州、武汉、重庆等。而南通的地理位置与镇江相似，只是长江上一个港口条件较好的城市。

第二，长江不仅是交通要道，也是天然屏障。表面上，南通与上海距离相近，但实际腹地差异显著。上海的腹地为江南，历史上富庶且文明的江南地区，自千年以来一直是中华文明的核心。而南通的腹地是江淮平原，一个易受洪水侵袭、历史上的战争缓冲区，和平时代扬州才是该地区的中心。

第三，南通处于地理边缘。在现代，南通尤其是启海半岛仍被视为江苏的偏远地区，铁路到达时间较晚，仅次于盐城。关于南通地理位置优越的说法，常被当地人用来自我安慰，却往往激起对一江之隔上海的嫉妒。作为南通人，对此自知。