根据会计准则，预付工程款应当被记录在预付账款科目下，直到工程进度款进行结算，此时再将预付账款转入在建工程科目。

然而，有些书籍指出预付账款被归类为流动资产，而预付工程款不属于流动资产范畴。因此，也有观点建议将预付工程款直接计入在建工程科目。

实际上，预付工程款涉及的是企业为了确保工程项目能够顺利进行而预先支付的款项。从会计处理的角度来看，预付账款属于资产类科目，主要反映企业已支付但尚未获得商品或服务的债权。当工程进度款结算时，这部分债权被清偿，相应的预付账款会减少，并相应增加在建工程的价值。

在实务操作中，企业需要根据自身的会计政策和具体情况选择合适的方法进行处理。例如，如果企业倾向于将预付工程款直接视为在建工程的一部分，以反映工程项目的整体进展，可以将其计入在建工程科目。

需要注意的是，这种处理方式可能会使企业在财务报表中看到的流动资产减少，而在建工程科目增加。因此，企业在选择处理方法时，应当充分考虑其对财务报表的影响，并确保符合相关会计准则和法规的要求。

总之，预付工程款的会计处理应当遵循会计准则和企业自身的会计政策，以确保财务报表的真实性和准确性。