年底留抵税设置的科目为“应交税费——增值税留抵税额”。

详细解释如下：

年底留抵税是指企业在一定时期内应缴纳的税款，由于各种原因未能及时缴纳，而形成的留抵部分。为了清晰反映这部分税额，在会计处理上需要设置相应的科目进行核算。

对于年底留抵税，应设置的科目为“应交税费——增值税留抵税额”。这一科目属于负债类科目，主要用于核算企业增值税期末留抵税额。当企业存在留抵税额时，该科目会出现相应的贷方余额，代表企业尚未使用的增值税留抵金额。

在企业日常的账务处理中，涉及到的增值税相关业务会随时影响留抵税额的变化。因此，在进行会计记录时，应通过“应交税费——增值税留抵税额”这一科目来准确反映留抵税额的增加或减少。这样，不仅能够清晰呈现企业的税务状况，还有助于企业进行税务筹划和财务管理。

总之，年底留抵税设置的科目是“应交税费——增值税留抵税额”，这一科目的设置有助于企业更加精确地核算和管理其税务情况。