公司为员工支付房租时，会计处理应计入应付职工薪酬-职工福利费科目。这是根据中国会计准则的规定，对于公司为员工提供的非货币性福利，如房租，应视作职工福利的一部分进行核算。

职工福利费的支出需要与员工的工资总额相匹配，且一般不超过工资总额的14%。超过此比例的部分，税务机关在计算企业所得税时，将不予税前扣除。因此，在实际操作中，公司应当注意控制福利费支出的比例，避免超支导致的税务问题。

具体操作时，公司需将支付的房租金额，作为福利费的一部分，通过应付职工薪酬-职工福利费科目进行账务处理。这不仅体现了公司对员工福利的合理分配，也有助于合规地进行税务管理。

总的来说，公司承担员工的房租，关键在于正确地进行账务处理，并严格遵守福利费支出的比例限制。这样做既能保障员工的福利权益，又能确保公司的财务合规，避免不必要的税务风险。