北京大学设有5个学部，囊括62个院系。理学部下设数学科学学院、物理学院、化学与分子工程学院、生命科学学院、城市与环境学院、地球与空间科学学院以及心理学系。信息与工程科学部则包括信息科学技术学院、工学院、计算机科学技术研究所、软件与微学院、环境科学与工程学院。人文学部内有中国语言文学系、历史学系、考古文博学院、哲学系（宗教学系）、外国语学院、艺术学院、对外汉语教育学院。社会科学部涵盖国际关系学院、经济学院、光华管理学院、法学院、信息管理系、社会学系、管理学院、马克思主义学院、教育学院、新闻与传播学院、人口研究所、发展研究院以及体育教研部。医学部则包括基础医学院、学院、公共卫生学院、护理学院、公共教学部、医学网络教育学院、12所教学医院与研究机构。此外，跨学科类学部有元培学院、先进技术研究院、前沿交叉学科研究院、中国社会科学调查中心、分子医学研究所、科维理天文研究所、核科学与技术研究院。深圳研究生院设有信息工程学院、化物学与生物技术学院、环境与城市学院、汇丰商学院、国际法学院、人文社会科学学院、微处理器研究开发中心、互联网信息工程研发中心。