深圳第三高级中学由初、高中两部分组成，分别设有独特的校区。初中部坐落在深圳市福田区益田路益田村住宅区东部，占地19700平方米，建筑面积为16000平方米。而高中部则作为寄宿制学校，位于龙岗区中心城如意路398号，占地面积广阔，总计100718平方米，建筑面积达到69000平方米。这个高中部是深圳市政府2004年的重点建设项目，总投资超过3亿，其教育教学设施达到了国内顶尖水平。

学校总占地面积为120418平方米，总建筑面积85000平方米，体现了其现代化和规模化的教育资源。高中部的设施配置先进，为学生们提供了优质的教育环境。目前，学校共有92个教学班，汇聚了近5000名师生，他们共同在这里追求知识，实现梦想。