南岗校区：位于哈尔滨市南岗区，是哈医大的主校区和行政中心，占地面积约为140万平方米，建筑面积约为67万平方米。这里集合了大部分的教学楼、行政办公楼、图书馆、实验室和学生公寓等。

道外校区：位于哈尔滨市道外区，占地面积约为255万平方米，建筑面积约为70万平方米。这里主要是医学院、口腔医学院和生命科学与技术学院的教学楼、科研机构、实验室、学生公寓等。

香坊校区：位于哈尔滨市香坊区，占地面积约为1160亩，建筑面积约为30万平方米。这里是哈医大第二附属医院所在地， 医学院（本部）的分部也设在此地，主要包括临床医学系、基础医学系和公共卫生系的教学楼、实验室和学生公寓等。