福建师范大学面向全国招收全日制硕士研究生，设有“硕师计划”与“复合型教育硕士计划”。其中，“硕师计划”与“复合型教育硕士计划”的学习周期分别设定为4年与2年，特别的是，学生在就读期间无需缴纳学费。

在专业设置上，学校提供多元化的选择，包括但不限于0252应用统计、0352社会工作、045102学科教学（思政）、045106学科教学（化学）、045107学科教学（生物）、045110学科教学（地理）、045115小学教育、0551翻译、1255图书情报等专业学位，这些项目的学制均为2年，统一收取学费16000元（全程）。

对于其他专业学位及学术学位的学习周期设定为3年，收取的学费则为每生24000元（全程）。

对于非全日制硕士研究生，学制统一设定为3年。在专业设置方面，0451教育项目的学费为每生24000元（全程），学生在第一学年需进行脱产学习。另一方面，1251工商管理的学费设定为每生51000元（全程），而1252公共管理、1254旅游管理的学费则为每生48000元（全程），在课程安排上，学校原则上以周末授课为主。