公司基建款应记入在建工程科目。

详细解释如下：

一、公司基建款的性质

公司基建款主要用于企业的基础设施建设，如厂房建设、设备购置等。这些支出是企业为了长期发展而进行的投资，属于资产支出的一种。

二、在建工程科目的作用

在建工程科目主要用来核算企业基建设备等工程的建设成本。这一科目详细记录了企业正在进行中的建设项目所花费的全部支出，包括人工、材料、设备等的费用。

三、基建款的会计处理

当公司支付基建款时，相关款项应被记入在建工程科目。当基建项目完工并验收合格后，将在建工程转化为固定资产，开始计提折旧。这样的处理方式能够准确反映公司的资产状况以及投资情况。

四、重要性

正确的科目处理对于公司的财务管理至关重要。它确保了财务信息的准确性，为企业的决策提供可靠的数据支持。同时，也符合相关财务法规和准则的要求，确保企业在合法的轨道上运营。

总的来说，公司基建款应记入在建工程科目，这有助于企业准确核算基建设备等工程的建设成本，为企业的长远发展提供有力的财务支持。