公司水费应记入管理费用会计科目。

详细解释如下：

一、水费的性质

水费是企业日常运营中的一项必要支出，属于运营成本的一部分。无论是用于员工饮用、清洁还是其他日常运营活动，水费都是企业为了维持正常运作而不可避免的开支。

二、记入管理费用

根据会计原则，这些运营成本通常会被记录在管理费用的科目下。管理费用是企业为了组织和管理生产经营活动而发生的费用，包括各种日常开支，如水费、电费等。因此，水费作为企业运营中的一项日常支出，应当记入管理费用科目。

三、会计科目处理

在实际操作中，企业支付水费后，会计部门会进行相应的账目处理。通常会记录在水费相关的明细科目中，如“水费支出”或“管理费用-水费”等。这样，企业可以清晰地了解水费支出的具体情况，有助于进行成本控制和财务管理。

总之，公司支付的水费应该被记入管理费用会计科目中。这样的处理方式有助于企业准确核算运营成本，进行科学的财务管理和决策。