1988年番禺学院创办(原名为广东工学院番禺隆辉分院)，由广东工学院(广东工业大学合校前身之一)与香港隆辉集团联合办学，后由广东工学院直接领导下独立运作。

1993年番禺学院机制教改专业被国家教育部确认为首批高等工程专科教学改革试点专业，全面开展教改工作。

1995年6月更名为广东工业大学番禺学院。

1998年3月30日祈福学院成立，由广东工业大学与广州市番禺祈福新邨房地产有限公司联合创办，与番禺学院实行“两个牌子一套人马”管理。

1998年12月番禺学院国家定点教改工作通过教育部评估验收，机制专业被评为“高等工程专科有特色专业”。

2000年3月广东工业大学澳洲中心成立，由广东工业大学与澳大利亚拉筹伯大学、北墨尔本高等技术学院联合创办。

2001年8月祈福学院学生搬迁回校本部。番禺学院停止与祈福新邨房地产有限公司联合办学。

2001年5月，经广东省教育厅批准，番禺学院改制为公办新机制性质的二级学院。改制后的番禺学院设有本科专业17个，在校生1600多人。

2003年9月，广东工业大学澳洲中心停止招生。广东工业大学停止与澳大利亚拉筹伯大学、北墨尔本高等技术学院联合办学。

2004年3月25日，广东工业大学番禺学院更名为广东工业大学商学院。

2004年9月，由于国家相关政策的规定，商学院由公办新机制转为公办专科院校，停止招收本科生，设有专科专业7个，分别是会计、电子商务、市场营销、国际经济与贸易、科技英语、商务英语、工商企业管理。

2013年9月，商学院停止招收专科生，广东工业大学与印度韦洛尔理工大学联合办学的动画专业本科生暂时归属商学院管理。

2015年7月，商学院最后一届专科学生已完成大专学业，同时广东工业大学国际教育学院（School of International Education G.D.U.T.）成立，继续使用番禺校区进行教学工作。