太医署由太医署令、丞等负责管理，分设医、针、和咒禁等部门，医又分为体疗、疮肿、少小、耳目口齿、角法等科。

太医署是我国世界医学史上较早的医学校。宋代改为太医局，仍为与教学兼而有之。

唐代兴建的“太医署”，对后世医学教育产生了深远影响。后世的医学教育完全按照唐“太医署”模式而建。