南京的本科学校有：

1. 南京大学。南京大学是南京历史最悠久的大学之一，国内一流学府，多个学科排名全国前列。

2. 东南大学。东南大学也是国内著名的高等学府，尤其在建筑、通信等专业领域享有较高声誉。

3. 南京航空航天大学。这所大学在航空航天领域有着深厚的积累和研究实力。此外，该校在其他学科如计算机科学和机械工程方面也表现出色。

详细解释：

南京作为中国的历史文化名城，拥有众多知名高等学府。除了上述几所大学外，南京还有其他本科学校如南京理工大学、南京师范大学等，这些学校也在各自的领域有着卓越的表现。南京的大学涵盖了广泛的学科领域，从人文科学到自然科学、社会科学以及工程技术等各个领域都有深入的研究和突出的成果。这些大学不仅为南京培养了大量优秀人才，也为国家的经济社会发展做出了重要贡献。这些学校不仅学术实力强大，还拥有优美的校园环境和丰富的校园文化活动，为学生提供了良好的学习和成长环境。因此，南京的本科学校多样且优质，为不同领域的学生提供了广泛的选择空间和发展机会。