根据国家人力资源和社会保障部发布制定的《建设工程造价员和造价师注册管理暂行办法》，二级建造师和其他职业资格考试的专业科目合格证书有效期为6年，管理类科目合格证书的有效期为4年，即在有效期内可以申请职业资格证书。

对于您提到的情况，去年考过的管理类科目证书依然有效，但是今年考试未通过的管理类科目证书无法计入有效证书中，只算做是未通过科目的次数。另外两门通过的证书，前提是您之前已经通过了二级建造师考试的所有科目，且证书未过期，才能被计算为有效证书。如果您的二级建造师证书之前已过期，则这两门证书也不能算做是有效证书。

需要注意的是，职业资格证书只有在证书有效期内才能够申请，过期后需要重新考取。因此，如果您想要申请职业资格证书，则需要确认自己的证书是否有效，以及在有效期内申请证书。如果还有相关疑问，建议咨询相关考试管理部门以及职业资格认证机构获取更准确的信息。