工程竣工验收合格后支付进度款需签发支付证书。工程竣工验收合格后，对于支付进度款，需签发支付证书或者支付申请书等相关证明文件。支付证书通常由施工单位提交申请，由业主或经办银行负责签发，证明工程已经完成，并已通过竣工验收，可以确认应付的中间付款或尾款。在支付过程中，支付证书是双方之间确认和协调各自权益的重要文件，可以保障施工单位和业主的合法权益。因此，在进行支付过程时，务必要认真核实相关证明文件的真实性，并采取相应措施避免欺诈和风险的发生。