楼主，因为你已经采纳了网友的答案，本来不想回答了的，但是因为我刚学日语的时候也迷茫过，所以无论如何都想发正确答案给你。主要是第一个に和で的用法，在你的问题里，这两个词是可以互换的！

我在教室里学日语”，这里的に和で可以呼唤，但是表示的意思有点不一样。这时：

私は教室に日本语を勉强します。 这里的に强调的是存在场所 强调的是地点 我在（教室里）学日语

私は教室で日本语を勉强します。 这里的で强调的是动作场所 强调的是动作 我在教室里（学日语）

如果把教室改成食堂，那么会好理解一点。

私は食堂で日本语を勉强します。这里强调我在食堂学日语，不是吃饭，也不是睡觉。

私は食堂に日本语を勉强します。这里强调我在食堂学日语，不在教室，也不在寝室。

其实に和で在多数情况下是可以互换的，互换之后也只是强调的对象不一样。只有一种情况下不可以互换。就是强调静止场所的时候不可以互换

私は教室にいる。 我在教室里。で修饰的是事物存在的场所　这里就不能换成で

に和で的用法还有很多种，这里就不一一列举了，怕让你更混乱。如果有兴趣有能力的话专门查一下。很多主流日语学习网站都可以查到用法

至于你的第二个问题，确实是都可以的。只是第五句

仆は今日は电车でうちへ帰ります。

日语通常情况下，在一个从句里不可以有两个は。

改成　仆が今日は电车でうちへかいります。

或者　仆は今日が电车でうちへかいります。

比较好。は修饰的是主语，强调主题。一个从句里如果有两个は的话，就是有两个主语，在日语用法里不太常见。通常会把小主语用が来修饰。

最常见的一句话，日语专业的学生上课的时候一定都见过这个例子：

象は鼻が长い。

当然 也存在一个句子里两个は的极个别情况，同样，如果有能力有兴趣的话可以自己去查一下。

由于日语在日常生活中是省略主语的，所以对于初学者来说有时会觉得很困扰，只要多说多听就可以了。死记硬背会更会乱，如果你是专业的学生的话，上好口语课和听力课，过一段时间就会自然而然的习惯省略主语的用法的。如果是非专业自学的学生，读看看日剧或者动画片，多读几遍书上的例句就可以了。