工程开票后的做账流程通常包括两个主要步骤：开票与记录。首先，开工程增值税发票，这一步骤需要记录在会计账簿中，具体操作为借记银行存款或应收账款，这表示已经收到客户支付的款项，根据实际情况选择银行存款账户或应收账款账户进行记录。与此同时，贷记主营业务收入，这表示从销售商品或提供服务中获得的收入，相关的发票金额应在主营业务收入账户中准确记录。

接着，将应交税费-应交增值税（销项税额）计入应交增值税账户中，这一步骤反映了企业收到工程款时应承担的税费责任。当工程款项实际收到时，会计账目上会显示借记银行存款，这表示已经收到客户支付的工程款项，贷记预收账款-工程，这是因为客户在工程开始前可能会支付部分款项作为预付款。

在工程完成或可以根据进度确认收入时，需要调整账目。借记预收账款，这一步骤意味着企业已接受了客户的预付款，当工程达到一定进度或完全完工时，这部分预付款可以被确认为收入，具体操作为借记预收账款，贷记主营业务收入。这样的调整确保了账目的准确性和透明性，有助于企业更好地管理财务状况。

综上所述，工程开票后的做账方法涉及多个步骤，需要根据实际情况灵活应用，确保每一笔款项和收入都被准确记录，从而帮助企业更好地进行财务管理和决策。