高考时选择日语作为外语语种，只是将外语科目改为日语，同样计入总分。教育部明确规定，除了外国语言文学类专业，其他专业不允许限制考生的外语语种。因此，即便你选择了高考日语，仍然可以填报会计学专业。不过，在实际报考过程中，需要注意的是，大学中对日语考生的具体安排。例如，某些专业可能依然要求学习日语以获得相应的学分，或者课程设置中包含外语教学、外教交流等环节。

在这种情况下，你需要考虑自身的英语水平是否足够应对大学课程。这些信息通常会在各院校的招生简章和招生计划中体现。因此，在选择专业和大学时，仔细阅读这些文件，确保自己的选择既符合兴趣，又能够顺利完成学业。

以会计学专业为例，虽然主要课程和考试可能以中文进行，但在某些专业课程、实习或交流活动中，可能仍会涉及英语。因此，建议你在报考前，详细了解目标院校的具体要求和课程设置，确保自己的外语能力能够满足学习需求。

此外，一些院校可能还提供英语强化课程或其他辅助措施，帮助外语考生适应大学的学习环境。因此，在决定报考前，不妨多了解这些信息，以便做出更为明智的选择。

综上所述，选择日语作为外语语种，并不影响你报考会计学专业。但报考时，务必关注院校的具体要求和课程设置，确保自身外语水平能够满足学习需求。同时，一些院校提供的辅助措施也会帮助你更好地适应大学的学习环境。