显微鉴别（果皮横切面）：果枸杞的外果皮为一列扁平细胞，壁较厚，外被角质层，外缘呈微波状突起。中果皮为十数列薄壁细胞，细胞中含有草酸钙方晶。双韧型维管束散列。内果皮细胞1列，较小，呈切向延长。

显然，谁买个黑枸杞还会带显微镜，那么就是另一种比较简单的辨别方法。

泡水鉴别：黑果枸杞的颜色很浓，并且含有大量的青花素，在不同水质下会呈现不同的表现。

泡酸性水（矿物质水）成紫色，泡碱性水（山泉水、自来水等）成蓝色。