用人单位不能这样做，是违法的。用人单位不能扣留职工的证件。对擅自扣留职工证件的，劳动者可以依法向当地的劳动保障监察大队进行书面举报或者投诉(《劳动保障监察条例》第9条)，要求劳动保障监察大队依法处理，劳动保障监察大队应当责令用人单位限期将证件退还给劳动者本人。《劳动合同法》

　　第九条　用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。

　　第八十四条　用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。

　　用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款;给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。

　　劳动者依法解除或者终止劳动合同，用人单位扣押劳动者档案或者其他物品的，依照前款规定处罚。