企业个人所得税申报操作流程如下：

1、下载个人所得税申报客户端，登陆到个人所得税申报平台；

2、手动添加需要申报的人员信息；

3、填写扣缴所得税报告表，在扣缴所得税报告表明细填写员工工资收入，五险一金金额等信息；

4、上传申报文件，进行申报；

5、申报成功后，下载反馈文件并导入个税客户端以完成申报业务。

个人所得税的计算方式：

1、确定纳税人的收入类别：个人所得税根据收入的不同类别有不同的税率和计算方法；

2、计算应纳税所得额：通常是将收入总额减去各项法定的扣除项目，如基本扣除、专项扣除等；

3、适用税率和速算扣除数：根据应纳税所得额确定适用的税率和速算扣除数；

4、计算应纳税额：应纳税所得额乘以适用税率，再减去速算扣除数，得出应纳税额；

5、扣除已预缴税额：如果有预缴税额，需从应纳税额中扣除，得出应补（退）税额。

综上所述，企业个人所得税申报操作流程包括下载申报客户端、添加人员信息、填写扣缴所得税报告表、上传申报文件、下载反馈文件并导入个税客户端。

【法律依据】：

《中华人民共和国税收征收管理法》

第十五条

企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位（以下统称从事生产、经营的纳税人）自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。税务机关应当于收到申报的当日办理登记并发给税务登记证件。工商行政管理机关应当将办理登记注册、核发营业执照的情况，定期向税务机关通报。本条第一款规定以外的纳税人办理税务登记和扣缴义务人办理扣缴税款登记的范围和办法，由规定。