北京航空航天大学拥有46个系，涵盖了广泛的学科领域。其中，一系即材料科学与工程学院，专注于材料科学的基础研究和应用技术开发。二系，电子信息工程学院，致力于电子信息技术的创新与发展。三系，自动化科学与电气工程学院，研究自动化系统及电气设备的先进技术和管理方法。四系，能源与动力工程学院，主要研究航空动力工程，尤其是飞机发动机的设计与制造。

五系，航空科学与工程学院，是北航航空宇航科学与技术一级学科的牵头学院，前身是飞机系，成立于1952年。首任系主任是“两弹一星”功勋科学家屠守锷院士。该学院主要从事大气层内各类航空器、临近空间飞行器、微小型飞行器等的总体设计、气动、结构等方面的新概念、新理论、新方法研究，培养飞行器设计等方面的专业人才。

六系，计算机学院，研究计算机科学与技术，包括计算机硬件、软件、网络技术等。七系，机械工程及自动化学院，专注于机械工程和自动化控制技术的创新与发展。八系，经济管理学院，研究经济学、管理学等领域的理论与实践。

九系，数学科学学院，致力于数学学科的基础研究与应用。十系，生物工程系，研究生物技术与工程的理论与实践。十一系，人文社会科学学院，研究人文社会科学领域的理论与实践。十二系，外国语学院，研究语言学、翻译学等领域的理论与实践。

十二系，外国语学院，研究语言学、翻译学等领域的理论与实践。十三系，交通科学与工程学院，专注于交通工程与技术的创新与发展。十四系，可靠性与系统工程学院，研究系统可靠性与工程的理论与实践。十五系，宇航学院，研究宇航技术与工程的理论与实践。十六系，飞行学院，成立于1993年9月，由中国南方航空股份有限公司与中国北方航空大学联合创办，为中国南方航空、中国东方航空、中国国际航空、海南航空、厦门航空、顺丰航空、成都航空、春秋航空等航空公司培养民航飞机驾驶员，同时培养机务维修工程方面的专业人才以及无人驾驶航空器系统工程领域的领军人才。

十七系，仪器科学与光电工程学院，专注于仪器科学与光电工程的创新与发展。十八系，北京学院，研究北京地区的社会、经济、文化等方面的问题。十九系，物理学院，致力于物理学的基础研究与应用。二十系，法学院，研究法学领域的理论与实践。二十一系，软件学院，专注于软件工程的创新与发展。

二十二系，继续教育学院，为在职人员提供继续教育与培训。二十三系，高等理工学院，专注于理工科领域的创新与发展。二十四系，中法工程学院，研究中法两国工程技术的交流与合作。二十五系，国际学院，致力于国际交流与合作。二十六系，新媒体艺术与设计学院，专注于新媒体艺术与设计的创新与发展。二十七系，化学学院，致力于化学学科的基础研究与应用。

二十八系，马克思主义学院，研究马克思主义理论与实践。二十九系，人文与社会科学高等研究院，致力于人文社会科学领域的研究与创新。三十系，空间与环境学院，研究空间科学与环境科学的理论与实践。三十一系，无人系统研究院，专注于无人系统的研究与应用。三十二系，航空发动机研究院，致力于航空发动机技术的创新与发展。三十三系，体育部，研究体育科学与体育教育的理论与实践。三十四系，北海学院，研究北海地区的社会、经济、文化等方面的问题。

三十五系，国际通用工程学院，致力于国际通用工程领域的研究与创新。三十六系，国际交叉科学研究院，研究交叉科学领域的理论与实践。三十七系，北航学院，专注于北航的学术研究与创新。三十八系，医学院，研究医学领域的理论与实践。三十九系，网络空间安全学院，致力于网络空间安全技术的创新与发展。四十系，医工交叉创新研究院，研究医工交叉领域的理论与实践。四十一系，微电子学院，专注于微电子技术的创新与发展。四十二系，人工智能研究院，研究人工智能领域的理论与实践。四十三系，前沿科学技术创新研究院，致力于前沿科学技术领域的研究与创新。四十四系，大学数据科学与脑机智能高精尖创新中心，研究数据科学与脑机智能领域的创新与发展。四十五系，经济学与商学研究院，研究经济学与商学领域的理论与实践。四十六系，高等教育研究院，致力于高等教育领域的研究与创新。