处理员工工资中社保金的扣除，需要进行会计分录。首先，当从员工工资中扣除个人社保金时，会计分录如下：

借方记入"应付职工薪酬-工资"科目，表示从工资总额中扣除社保金。贷方记入"其他应付款-个人社保金"，对于单位操作此事项时，可能使用"其他应收款"科目，同时贷记"现金"，表示这部分资金已从员工工资中扣除。

接着，在单位实际缴纳社保时，进行会计分录调整。借方记入"管理费用-社保金"科目，反映社保费用作为企业运营成本的一部分。同时，将"其他应付款-个人社保金"转至借方，表示这部分个人应承担的社保费用已通过工资扣除。贷方记入"银行存款"，表示企业已将应缴纳的社保费用通过银行转账支付。

通过上述步骤，企业完成了从工资中扣除个人社保金、缴纳企业及个人社保费用的会计处理过程，确保了财务记录的准确性和合规性。