在事业单位进行公对公转账时，确保支票顺利入账的步骤如下：

首先，需要在转账支票的背面进行背书，并加盖银行预留的印章。这是为了证明该支票是合法的，并且支票的所有权已经转移给收款方。

其次，前往收款方的开户银行，填写进账单。进账单是银行处理支票进账的重要凭证，上面需要详细填写支票相关信息，如收款人、付款人、金额等。

然后，将已经背书的支票和填写好的进账单一并交给收款方开户银行的柜员。柜员会对支票进行审核，确认无误后，会将支票提交给银行的账务处理部门进行进一步处理。

接下来，银行会在处理完毕后，给支票的付款方一份回联，确认支票已经成功入账。回联上会详细列出支票信息和进账情况，作为付款方的凭证。

值得注意的是，如果是跨行转账，通常需要等待2天才能到账；如果是同一家银行内的转账，则可以立即到账。

如果支票不慎丢失或无法直接进入收款方的账户，也可以到付款方的开户银行填写进账单，通过银行内部系统将款项转入收款方的账户。

通过以上步骤，事业单位可以确保公对公转账支票顺利入账，避免因操作不当导致的款项延迟或丢失问题。