浙江海洋学院萧山校区机构设置包含多个部门，具体如下：

办公室由潘平主任负责，主要职责包括全院性工作的协调、督办；文秘、信息、通信、机要与保密；网络信息管理；接待服务、外联、统计、信访；综合档案；校庆组织与校友联系；干部管理、党务工作、宣传工作；机构编制管理；人事工作、师资建设；职称评聘、劳资福利、考核奖惩，社会保险；退休人员管理；小车管理；财务管理、会计核算与监督；各经营实体、医务室、食堂的结算；国有资产帐务管理；公积金管理等。

王杏林为副主任。

教学科研科由潘立新科长负责，主要职责包括教学管理；教务管理；学籍管理；教学改革、专业建设、课程建设、实验室和实习基地建设的组织管理；科研工作管理；教材建设与管理；教学质量监控；教室调配；图书馆建设与管理；多媒体教室维护与管理；网络建设与维护；成人教育组织与管理；学生考证、职业技能鉴定；教师考核管理，配合做好师资队伍建设等。

张晓锋为副科长。

学生科由郁文娟科长负责，主要职责包括学生的思想政治工作；学生工作队伍建设与管理；学生日常管理、奖惩、资助、勤工助学、助学贷款、学生保险与理赔；学生心理健康教育；学生档案；招生与就业指导工作；学生宿舍调配等。

童小荣为副科长。

基建后勤科由李景科长负责，主要职责包括校园环境规划与整治；学院基本建设与基础设施维修管理；国有资产实物管理与保值增值；学院苗种基地、食堂、商店等经营服务单位的管理；日常维修与水电管理；医疗卫生、公共卫生管理；采购与供应；招投标工作，仓库管理，学生宿舍的物业管理，车辆管理，部门用车联系与管理等。

保卫科由华聪科长负责，主要职责包括校园治安综合治理；消防、交通安全管理；户籍管理；学生宿舍安全管理；学生军训与征兵；校园护卫队业务指导和管理；信件、报刊收发等。

基础部由柏以慧负责，主要职责包括负责本系的课程建设、教材建设、教学工作安排与日常检查、教学研究和教学改革工作，协助做好教、师管理与考核等。负责学院体育工作的组织与管理。

萧山科技学院教学委员会包括主任委员张永正、副主任委员方美娟、成员金剑雄、潘平、潘立新、施振宁、钭启升、柏以慧、陈慧丽，秘书由潘立新兼任。

萧山科技学院学术委员会包括主任委员张永正、副主任委员方美娟、成员金剑雄、孙国祥、施振宁、钭启升、陈慧丽，秘书由潘立新兼任。