已入账发现是假发票该处理：

1、跟提供发票方联系，让相关供应商及时取得合格发票，如果不合作，暂扣货款。

2、为经办人进行相关的培训，学会自我辨别合规发票。

3、让采购重新评定现有供应商资质，适当更换供应商，事先控制。

4、向税务局举报必须求得公司领导的书面同意，可先向公司领导举报并说明情况和建议。