对疑似肺结核分枝杆菌感染的患者，主要采用以下几种方法进行确诊：

首先，取患者痰液进行抗酸染色检测。抗酸染色能有效检测出结核分枝杆菌，这是诊断肺结核的金标准之一。

其次，对痰液进行培养。培养是确认结核分枝杆菌感染的关键步骤，通过观察细菌生长情况，可以判断痰液中是否含有结核分枝杆菌。

此外，支气管灌洗标本培养也是一种重要的诊断方法。支气管灌洗能够收集到气道深处的分泌物，有助于发现隐藏的结核分枝杆菌感染。

如果抗酸染色检查结果为阳性，紧接着需进行培养检查。若培养结果在2到3次内为同一种NTM，即肺结核分枝杆菌，即可确诊为肺结核分枝杆菌感染。

综上所述，通过结合抗酸染色和培养检测，可以准确地诊断出疑似肺结核分枝杆菌感染的患者。这一系列方法在临床实践中已被广泛应用，为患者提供了科学的诊断依据。